首先，学科之间相互交叉、渗透和融合，是人类知识发展本身的内在要求和客观趋势。自20世纪中叶以来，人类知识的发展呈现出两种相反相成的趋势：一方面，随着人类认识世界的程度不断加深，各门学科不断分化，分支学科不断涌现；另一方面，学科的综合趋势也相当明显，新兴的交叉学科、横断学科、边缘学科的诞生层出不穷。事实上，学科之间相互隔绝与封闭，不利于学科自身的生长与发展。这一点同样适用于学生认知的发展与生长。其次，综合课程的学习，有利于消除学生孤立地看待各门学科知识的现象，形成完整的世界观；有助于学生探寻各门学科知识之间的内在联系，以发现新的知识；有助于培养学生广阔的认知视野，提升学生的知识整合能力，使学生学会综合性地解决问题等等。综合课程的最大的问题在于，综合课程容易成为传统学科知识简单的、机械的拼盘与混合，有人将这种综合课程称之为知识的“大杂烩”，显然，知识的拼盘式“综合”，并不会达到设置综合课程的本来目的。其次，综合课程虽然照顾到了各学科知识之间的横向联系，但很容易导致学生浅尝辄止的学习。

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